O jogo conta com 80 personagens jogáveis e inclui alguns novos, fazendo este o jogo com a maior quantidade de personagens na série Ultimate Ninja. Foi anunciado que o sistema de luta seria modificado, com a possibilidade de se usar o modo Awakening, um estado que dá a cada personagem habilidades aprimoradas quando sua vida está baixa, a qualquer momento da luta para alguns personagens. Assim como nos jogos anteriores, o jogador pode escolher dois personagens para ajudá-lo durante a batalha. Agora, os personagens de suporte também pode ajudar o personagem jogável através da utilização de dois diferentes tipos de combinações. Diversos cenários tornaram-se interativos, fazendo com que o jogador perca automaticamente a luta se deixar uma área específica.

  O Modo História é similiar ao de Naruto: Ultimate Ninja Storm e Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 2, porém diferente do jogo anterior Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm Generations, pois têm batalhas contra chefes que incluem quick time events e requer o uso de estratégias para derrotar o adversário. O enredo começa a partir do fim de Ultimate Ninja Storm 2, mas inicialmente é focado no ataque da Raposa de Nove Caudas a Vila da Folha com o jogador controlando os personagens que estão defendendo a vila. O jogo mostra os acontecimentos da guerra mundial adaptando a maioria dos episódios que já forão exibidos quando o jogo foi lançado.Também foi incluso o modo "Ultimate Decision", que dá a opção de alterar o resultado das batalhas, resultando em histórias alternativas.